Безотказный и послушный двигатель модели Ninja 250R обладает высокой мощностью и плавным ходом. Водители будут приятно удивлены его мощностью на высоких оборотах. Каждая деталь двигателя служит обеспечению надежности и безотказности, чтобы водители могли годами наслаждаться преимуществами этой модели. Характеристики сдвоенных карбюраторов Keihin CVK30 были оптимизированы – в результате обеспечена высокая мощность при низком расходе топлива. Восьмиточечные форсунки, распыляющие поток на капли размером 60 микрон, способствуют быстрой реакции двигателя на открытие дроссельной заслонки при средних и высоких оборотах. Как и Ninja ZX-6R, Ninja 250R имеет двойные дроссельные заслонки, обеспечивающие стабильную мощность во всем диапазоне оборотов, гарантирующие плавность реакции двигателя на открытие дроссельной заслонки, а также оптимизирующие расход топлива. Размер корпуса дроссельной заслонки 28 мм. Система зажигания заимствована у модели ER-6n/6f и обеспечивает высокую надежность и безотказную работу. Катушки, интегрированные в свечные колпачки, дают хорошую искру и занимают меньше места.

Модель Ninja 250R выполнена в стиле других спортивных моделей Ninja с большим объемом двигателя. Обтекаемый корпус имеет отличную форму и первоклассную отделку, мотоцикл смотрится хорошо как вблизи, так и издалека.