Двухцилиндровый рядный двигатель объемом 649 см3 с жидкостным охлаждением, 8-ю клапанами, двумя распредвалами верхнего расположения (DOHC) и впрыском топлива обладает способностью ровно отдавать мощность и хорошо реагировать на действия водителя, особенно в низком и среднем диапазоне оборотов. Настройки двигателя обеспечивают необходимые динамические характеристики, а это позволит начинающим мотоциклистам обрести уверенность в себе. Улучшенные характеристики впрыска топлива делают реакцию мотора на действия чловека более плавной (особенно при оборотах ниже 4000 в минуту) и вносят свою лепту в новый характер поведения ER-6n, который позволяет мотору быстрее раскручиваться. Превосходные показатели двигателя в среднем диапазоне оборотов делают этот мотоцикл особенно приятным при спокойном вождении по улицам города. Не вызывает нареканий и реакция ER-6n при движении в гору, что позволяет назвать его тяговое усилие впечатляющим. 38-миллиметровые дроссели оборудованы суб-дросселями для получения более высокой мощности и ровной, но чуткой реакции на подачу газа. Увеличенная на 40 мм ширина радиатора повышает эффективность охлаждения (с 17,4 кВт до 19,4 кВт).

Двойная передняя фара приобрела более заостренную, вертикальную форму как с передней, так и с боковой стороны; кроме того, она оборудована двухпозиционными лампами. Новый обтекатель передней фары стал одним из элементов обновленного, более мужественного образа ER-6n.